W ostatnim czasie znacznym ułatwieniem dla księgowych pracujących w małych i średnich przedsiębiorstwach stało się wypełnianie tak zwanych faktur online, znanych także pod nazwa e-faktur. Tak prowadzona księgowość może być bardzo efektywna i przynosić wymierne zyski w postaci wolnego czasu, jaki księgowy może przeznaczyć na inne czynności usprawniające działanie w firmie. Co więcej, istnieje także możliwość wystawiania duplikatów oraz korygowania błędów w fakturach VAT uzupełnianych drogą elektroniczną, czego nie można było zrobić z fakturami tradycyjnymi, które w wyniku jakiegokolwiek błędu nadawały się jedynie do wyrzucenia. Oczywiście w przypadku jakichkolwiek problemów z komputerem lub uszkodzeniem pliku, na którym dana faktura została zapisana, istnieje możliwość wystawienia dokumentu papierowego, który zachowuje taką samą ważność dla kontrahenta jak faktura elektroniczna. To samo dotyczy popularnych ostatnio, szczególnie w przypadku rozpoczynających biznes przedsiębiorców, faktur VAT R. Zasada jest taka sama i nie zmienia się. Zawsze powinniśmy pamiętać o tym, jeżeli oczywiście jesteśmy księgowymi, iż faktury powinny być przechowywane w takim samym formacie, w jakim otrzymaliśmy je od klienta. Gwarantuje to z całą pewnością ich autentyczność i powoduje wzrost zaufania klienta do pracowników naszej firmy i nas samych. Księgowy musi jednak być specjalistą w obsłudze wszelakich programów do faktur, bowiem jakikolwiek błąd może kosztować firmę duże straty i utratę klienta, który jest najważniejszy.